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La gran variedad de la vegetación japonesa (unas 17.000 especies) se debe al clima y al relieve. Los bosques cubren el 67% de la superficie del país y se componen en su mayoría de árboles frondosos y coníferas: castaños, hayas, arces, tuyas, pinos rojos y laricios, junto con abedules y fresnos. Al oeste domina un bosque de coníferas que crecen junto a bambúes, magnolios y castaños verdes. Los ciruelos blancos y rojos, los cerezos de floración temprana, así como el bambúes y los pinos se han convertido en símbolos tradicionales del país.
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La fauna comprende 132 especies de mamíferos, 583 especies de aves y 66 especies de reptiles, batracios y peces. Aún quedan osos negros y pardos, zorros y ciervos. El único primate es el simio de cara roja (el macaco de Japón) que puebla todo el territorio de Honshu.
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