Entre las 380 especies de aves con las que cuenta el archipiélago, 21 se han catalogado como endémicas. Entre ellas hay algunos loros, pájaros carpinteros y ruiseñores. El tocororo, una especie cubana de loro, es el ave nacional. Por otro lado, encontramos también el zunzuncito, que es el pájaro más pequeño del mudo y a veces es confundido con un insecto. Por desgracia, se trata de un patrimonio amenazado: la deforestación ha provocado la desaparición de ciertas especies y ha puesto a otras en peligro. Cerca de 200 especies animales y vegetales están inscritas en la lista oficial de especies amenazadas de las Naciones Unidas.