A lo largo de siglos, el río más largo del mundo ha visto como en sus riberas se instalaba una población cada vez mayor, lo que conllevaba la implantación de una flora y una fauna originales. Actualmente, en las aguas del Nilo viven principalmente peces gato, percas del Nilo y tilapias. En las orillas se encuentran lotos de Egipto en algunos lugares, y carrizos casi en todos lados. La fauna ornitológica está también muy presente. Garcillas bueyeras, martín pescadores, abubillas, carriceros y pollas de agua se reparten el territorio. En le sur de Egipto, el lago Nasser está poblado de cocodrilos, y tortugas de caparazón blando.