La capilla mayor de la catedral resume la grandeza de este edificio renacentista. Su cúpula está decorada con vidrieras de gran belleza, con esculturas y pinturas de Alonso Cano. Las puertas más emblemáticas son la de Ecce Homo, la de San Jerónimo y la del Perdón, ésta última con excelentes relieves de la Fe y la Justicia. Asimismo, en las capillas laterales se conservan excelentes retablos y pinturas. La antigua sala capitular es actualmente el lugar de exposición del tesoro de la catedral, que también expone piezas en la sacristía y en el Museo Catedralicio. Entre las piezas, es de destacar una Inmaculada de Alonso Cano.