Las columnas y arcadas situadas frente a las habitaciones del Atlantis Bahía Real dan una idea de lo que podemos encontrar en su interior. Las habitaciones cuentan con suelos de mármol, una mesa de mosaicos en la terraza y una cama tamaño king size. Su decoración se divide en cuatro temáticas: francesa, japonesa, clásica y española. Una constante en todas las habitaciones es su bóveda de piedra y su incomparable encanto. Disponen de una amplia terraza con unas impresionantes vistas a las islas de Lobos y de Lanzarote. Las habitaciones son muy amplias (30 m²) y están bien equipadas: escritorio, sofá-cama doble, sillón, mesa baja, caja de seguridad gratuita con código electrónico (objetos asegurados hasta una cantidad de 1.500 euros), un hervidor eléctrico, televisión por satélite de pantalla plana con 34 canales, climatización individual y teléfono, así como conexión a Internet. Asimismo, todas cuentan con mosquiteras y aparatos antimosquitos eléctricos.
El cuarto de baño está a la altura de la habitación, es amplio, está limpio y bien decorado; una auténtica maravilla. Perfumados por flores, con motivos en los suelos y mármol por todos lados, disponen de una bañera con ducha de teléfono (con bastante presión, lo que no es muy habitual en los hoteles de Fuerteventura), espejo de aumento, secador de pelo, lavabo de doble pileta, albornoces y productos de aseo.
Las 72 suites cuentan con columnas, arcos y bóvedas, un bonito escritorio adornado con un globo terráqueo, un salón panorámico con una alfombra que te invitará a la relajación, y un cuarto de baño de mármol que te hará desear no tener que salir al exterior. Se accede a él mediante una puerta corredera de madera: las paredes están adornadas con papel de tonos rosa, disponen de bañera de hidromasaje y ducha tropical separada para mayor comodidad. En una esquina hay una báscula, si deseas saber cuánto peso has perdido tras la sesión de spa, o cuánto has ganado tras saborear los suculentos platos de los restaurantes del hotel.