En 1498 Vasco da Gama llega a Mombasa. Los portugueses no son bienvenidos por lo que deciden exiliarse algo más al norte, hacia Malindi. Eso sí, esa no fue la última palabra ya que acabaron por ocupar Mombasa por la fuerza en 1593. Fue entonces cuando creyeron necesario edificar una fortaleza para defender la entrada del puerto. Navegando bajo la bandera de la orden de Cristo, el nombre de Fortaleza de Jesús era evidente.
De forme angular, el diseño del fuerte fue realizado por un arquitecto italiano de Goa. Su historia ha sufrido bastantes altibajos: fue gobernada primero por los portugueses, más tarde por los árabes de Omán y por último bombardeada por los británicos. En 1895 el gobierno la convirtió en prisión.
Hoy en día se puede observar en el interior de sus murallas una hilera de cañones alineados frente al edificio principal. También encierra un pequeño museo de objetos hallados en un navío encallado, perteneciente al pueblo árabe y musulmán. Asimismo se pueden observar varias vitrinas sobre la vida de los kenianos, sus poblados y sus costumbres.
Varias veces a la semana se organiza un espectáculo de luces y sonido.
Está abierto todo el año, todos los días de la semana de 08:30 a 18:00. Precio para adultos: 800 KES - Precio para los menores de 16 años: 400 KES.