La fauna de montaña está principalmente concentrada en tres parques nacionales: el de la montaña Galicica, que separa los valles de Ohrid y de Prespa, el de Mavrovo, en las laderas del Brista, y el de Pelister. Estos lugares son el hábitat de cabras salvajes, lobos, osos, ciervos, zorros y jabalíes.