Si bien Sainte Marie ofrece inmersiones interesantes, en Nosy Be se desarrolla principalmente esta actividad por sus ricos fondos marinos. Además de la gran variedad de peces tropicales que se pueden encontrar allí (pez paguara, pargos, meros, pez ángel y pez mariposa), no es raro cruzarte con tortugas, tiburones ballena, delfines y globicéfalos. Puedes salir a conocer los importantes lugares submarinos a lo largo de Ambatoloaka, y, sobre todo, en la joya protegida de Nosy Tanikely, o también hacer un crucero de varios días a las islas Mitsio al noroeste, en dirección a Comores, o hacia el archipiélago de Radama, hacia el sur.