El monasterio de San Francisco, erigido en 1512 por monjes de la orden del Santo, fue a la vez el primer monasterio y el primer centro de enseñanza superior (1538) del Nuevo Mundo. Los franciscanos fueron los primeros religiosos que se establecieron en la isla de la Española, después de haber llegado en el segundo viaje de Cristóbal Colón. En 1586 se quemó una parte durante la destrucción de la ciudad por parte de Sir Francis Drake y en 1673 no resistió al terremoto. Sin embargo, todavía se pueden admirar las impresionantes y conmovedoras ruinas, un lugar muy popular para ir a pasear. En el pie del edificio, rodeado de grandes espacios verdes, se organizan muchos conciertos y manifestaciones culturales. Todavía se conservan el antiguo pozo y una reserva en la que se almacenaba agua para los habitantes de la ciudad. También se puede visitar la tumba de Alonso de Ojeda, uno de los capitanes más intrépidos de entre todos los conquistadores, bajo los restos de la bóveda. La leyenda cuenta que en un acto de extrema humildad pidió ser enterrado en el convento para que todo el mundo pudiese pasar por encima de él.