Los historiadores afirman que ya en el siglo XII existía una iglesia románica en el mismo emplazamiento que el edificio actual. Era el epicentro del pueblo, con varias casas a su alrededor. Pero San Juan de Luz sufrió los estragos de sucesivas guerras, con la dominación inglesa, la Guerra de los Cien Años y las invasiones españolas. La iglesia ardió hasta los cimientos, pero algunos de sus restos permanecen intactos (las ventanas ennegrecidas, por ejemplo).
