Los romanos se instalaron por primera vez en Alta Saboya en el siglo II a.C.. Tras pacificar la zona, los conflictos galorromanos acabaron con ellos. Annecy fue repetidamente incendiada y abandonada hasta el siglo XI. Finalmente, a finales del siglo XII, los condes de Ginebra se refugiaron en el pueblo con sus numerosas caballerizas. Gracias a ellos y más tarde a la Casa de Saboya, una poderosa dinastía, Annecy floreció y se convirtió en una próspera ciudad. Durante la Reforma católica, François de Sales, natural de la región, dejó su impronta en la ciudad con su prestigio e ilustración. Hizo de Annecy la "Roma de los Alpes". Tras numerosas guerras, Annecy pasó a formar parte de Francia en 1860, bajo el reinado de Napoleón III.
