El primer jardín botánico de Nantes se remonta a 1688, cuando se autorizó a los boticarios a utilizar un terreno al norte de Nantes para cultivar plantas medicinales. Reconocido como Jardín Real en 1726, el Jardín de los Boticarios albergaba todas las semillas de plantas exóticas traídas a Nantes en barco desde las colonias. Tras un periodo de aclimatación en la Ciudad de los Duques, las plantas se enviaban a la capital. A cambio, el Jardin des Plantes de París también enviaba ejemplares al jardín de Nantes, lo que le permitía ampliar su colección. Con el tiempo, el Jardin des Apothicaires se quedó pequeño para albergar todas las plantas de las colonias, y el Jardin des Plantes tal y como lo conocemos hoy no encontró su hogar definitivo hasta 1806, en un recinto junto al Lycée Clémenceau. En 1839, Jean-Marie Ecorchard fue nombrado director del jardín y emprendió una importante labor de acondicionamiento. Su objetivo era crear en Nantes un jardín paisajista de estilo inglés, inspirándose en los Jardines Reales de Kew en Londres. También enriqueció las colecciones con magnolias y plantas exóticas procedentes de las islas Borbón, Pointe-à-Pitre y las Indias. El invernadero caliente se construyó en 1845 y se utilizó para cultivar plátanos, café y otras frutas exóticas. La historia del Jardin des Plantes está estrechamente ligada al pasado de Nantes y a los marineros que trajeron tesoros botánicos de sus viajes a los confines del mundo.
