El Castillo de San Antón es en realidad una antigua fortaleza construida en el siglo XVI. Desde su construcción y hasta el siglo XVIII sirvió primero como edificio defensivo de A Coruña, y más tarde fue utilizado como prisión. Además de su función defensiva, también acogió a aquellos marineros afectados por enfermedades infecciosas que llegaban a la ciudad.
Cuando el Castillo de San Anton se construyó, formaba parte de una red de fortificaciones encargadas de proteger la ciudad de los posibles ataques desde el mar. Entre éstas destacamos el Fuerte de Santa Cruz y el Fuerte de San Diego, por ejemplo.
En el siglo XX, el Castillo de San Antón pasó a manos del Ayuntamiento de A Coruña, y en 1968, acogió al actual Museo Arqueológico e Histórico de A Coruña.