El interior del Aquarium se compone de cuatro salas distintas, así formando un espacio didáctico en que tanto los mayores como los niños pueden disfrutar y aprender sobre la vida marina y su crucial importancia.
La primera sala es la Sala Isabel Castelo. Esta sala recoge la exposición permanente de fotografías de naturaleza marina así como las temporales, sobre temas específicos relacionados al mar.
El segundo espacio, la Sala Maremagnum, representa el núcleo educativo del Aquarium. Junto a sus grandes acuarios encontramos la OceanoSfera y numerosos elementos museísticos, cada uno ofreciendo una experiencia interactiva.
En la tercera sala, Sala Humboldt, se pueden ver grandes exposiciones temporales monográficas, así como exposiciones sobre las grandes diferencias entre mares y las características de los mismos.
La última sala, Sala Nautilus, se considera como la sala más espectacular del Aquarium Finisterrae. El diseño, inspirado ****del relato de Julio Verne, Veinte mil leguas de viaje submarino, toma la forma del gabinete del capitán del submarino Nautilus. A través del mirador del capitán Nemo se puede ver la profundidad de una enorme piscina, la más grande de Europa, en donde nadan los mayores peces del Atlántico.
Además de las salas, el museo cuenta también con terrazas exteriores en las que se expone, entre otras cosas, el ancla del buque petrolero Mar Egeo.