La historia del Museo de la Ciencia de Valladolid empieza en el siglo XIX. Originalmente, el edificio era una institución dedicada a la enseñanza de las ciencias naturales, el Instituto Provincial de Valladolid, creado en 1867 con el objetivo de promover la enseñanza de las ciencias en la región. Ahí había un museo de historia natural, donde se exponían colecciones de especímenes animales, vegetales y minerales. Eran tan buenas que cada vez ganaban más público, y en el 79 decidieron dedicarle todo el edificio al nuevo Museo de la Ciencia y la Tecnología de Castilla y León.
Fueron los arquitectos Rafael Moneo, Enrique De Teresa et Juan José Echeverría quienes estuvieron a cargo de la renovación del museo, ahora emblema de la arquitectura vanguardista de Valladolid.