Después de que el Partenón se mantuviera relativamente intacto hasta mediados o finales del siglo XVII, empezó a sufrir graves daños como consecuencia de una explosión de pólvora provocada por un rayo en 1645 y la posterior guerra turco-veneciana de 1686, también conocida como la Guerra de Morea (1684-1699). El yacimiento sufrió daños por la guerra, saqueos y una falta general de mantenimiento. En el siglo XIX, a medida que el lugar ganaba popularidad entre los visitantes, sufrió saqueos sistemáticos, ya que la gente se llevaba piezas de recuerdo. Un tal Thomas Bruce, séptimo conde de Elgin, y su equipo se llevaron muchas piezas preciosas, como esculturas, frisos del templo de Atenea Niké, una de las cariátides del Erecteión y muchas otras antigüedades de valor incalculable que enviaron a Inglaterra. Las piezas están expuestas en el Museo Británico, pero el gobierno griego reclama su devolución desde 1890, ya que forman parte del patrimonio cultural único de Grecia. Funcionarios griegos y británicos mantienen conversaciones sobre el tema. En 1834, el recién creado Estado griego designó la Acrópolis como yacimiento arqueológico oficial, donde los buscadores encontraron muchos objetos preciosos que necesitaban un hogar, y así nació el Museo de la Acrópolis. Una primera versión se inauguró en 1874 y sufrió una ampliación radical tras la Segunda Guerra Mundial. El nuevo Museo de la Acrópolis fue diseñado por los arquitectos Bernard Tschumi y Michael Photiades. Se construyó a escasos 300 metros de la Acrópolis y se abrió al público en 2009.
