El emplazamiento ha estado ocupado ininterrumpidamente desde los inicios de la ciudad. Ya a finales del Neolítico (alrededor del año 3000 a.C.) se utilizaba como espacio residencial y funerario. Ya en el siglo VI a.C. se convirtió en un lugar público. Con una composición cultural y política en constante cambio, el Ágora adoptó muchas formas diferentes antes de llegar a la que conocemos en el siglo II a.C. A lo largo de los siglos se llevaron a cabo diversas actividades de construcción en el lugar, desde los persas en el 480 a.C. y los romanos en el 89 a.C., hasta los eslavos en el 580 d.C., antes de ser abandonada gradualmente. El yacimiento volvió a ser activo y residencial desde la época bizantina hasta aproximadamente la década de 1830, antes de que pudieran realizarse excavaciones arqueológicas. A mediados del siglo XIX se iniciaron importantes excavaciones arqueológicas que continúan en la actualidad. A mediados de la década de 1970 se llevaron a cabo importantes obras de restauración en la Hefestión o Templo de Hefesto.
