El museo alberga la colección de un arqueólogo peruano que dedicó su vida a encontrar yacimientos y objetos que datan de civilizaciones pasadas. Rafael Larco Hoyle consiguió no sólo establecer una cronología de las culturas preincaicas a través de sus colecciones, sino también analizarlas. Ha estudiado los diversos aspectos de la cultura moche, como la arquitectura, la religión, el arte y la sexualidad, temas todos ellos que pueden encontrarse en los objetos del museo.
Natural de Trujillo, este arqueólogo albergó sus descubrimientos en la casa familiar, que ya contaba con una colección de 600 piezas pertenecientes a su padre, antiguo primer vicepresidente de Perú. En 1958, la colección de 45.000 piezas se trasladó al distrito limeño de Pueblo Libre, y el arqueólogo bautizó el lugar como Museo Arqueológico Rafael Larco Herrera, en honor a su padre. El estilo del edificio, una casa colonial del siglo XVIII con paredes blancas, jardines arbolados y plantas de colores, se diseñó para reflejar el espíritu de la hacienda familiar de Trujillo.